農(nóng)學(xué)院樊龍江教授團(tuán)隊(duì)發(fā)文闡述植物環(huán)形RNA特征
近日，生物信息學(xué)頂級(jí)期刊《Briefings in Bioinformatics》（IF5=7.065）在線發(fā)表農(nóng)學(xué)院樊龍江教授團(tuán)隊(duì)論文“Characteristics of plant circular RNAs”（https://doi.org/10.1093/bib/bby111）。該論文通過分析目前已發(fā)表的植物環(huán)形RNA（以下簡稱circRNA）數(shù)據(jù)，揭示了circRNA特征，包括它的來源、可變剪接（可變環(huán)化）現(xiàn)象、剪接信號(hào)特征、潛在的miRNA-circRNA網(wǎng)絡(luò)等，并提出circRNA統(tǒng)一命名規(guī)則（圖1）。論文通訊作者為樊龍江團(tuán)隊(duì)葉楚玉副教授，第一作者為博士生褚琴潔。
圖1.?不同植物物種中各種類型circRNA分布比例。該研究共定義了10種不同類型circRNA（A）和水稻、擬南芥等12種植物物種中的分布（B）
環(huán)形 RNA是由于特殊的反向剪接，使得下游序列與上游序列結(jié)合，引起序列的環(huán)化而形成。近年來circRNA分子在人類及動(dòng)植物基因組中被大量鑒定，并被研究證明具有重要生物學(xué)功能，如作為 miRNA的靶標(biāo)競(jìng)爭(zhēng)分子、調(diào)控編碼母基因表達(dá)、吸附蛋白等。事實(shí)上，該團(tuán)隊(duì)近年來一直從事circRNA工作，2015年在國際上率先證實(shí)水稻基因組中大量存在circRNA，該項(xiàng)工作發(fā)表在New Phytologist（Ye et al., 2015），在植物學(xué)界產(chǎn)生廣泛影響，成為“Web of Science”高被引論文。同時(shí)，該團(tuán)隊(duì)前期構(gòu)建的國際上第一個(gè)circRNA數(shù)據(jù)庫PlantcircBase （Chu et al., 2017. Molecular Plant）， 目前已更新至第3版（圖2），可通過http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php訪問。該版收集了更多的circRNA，整合了更多最新結(jié)果，并增加多項(xiàng)分析功能（如可視化等）。
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圖2.?植物環(huán)化RNA數(shù)據(jù)庫PlantcircBase 3.0主頁
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