生物醫(yī)學研究院和化學系的楊芃原團隊合作創(chuàng)建了精準N糖蛋白質(zhì)組學分析方法
近日，復旦大學生物醫(yī)學研究院和化學系的楊芃原課題組與北京中科院計算所賀思敏課題組和上海蛋白質(zhì)中心黃超蘭團隊合作，發(fā)表了基于質(zhì)譜的高通量糖基化肽段分析方法pGlyco2.0，為精準N糖蛋白質(zhì)組學提供了最新的技術。9月5日，相關研究成果以《pGlyco2.0：基于綜合質(zhì)控和一步質(zhì)譜法的精準N糖蛋白質(zhì)組學糖肽分析方法》（pGlyco 2.0 enables precision N-glycoproteomics with comprehensive quality control and one-step mass spectrometry for intact glycopeptide identification）為題在《自然通訊》（Nature Communications）上發(fā)表。楊芃原教授、賀思敏研究員和黃超蘭研究員為共同通訊作者。楊芃原教授為該文章的Lead Contact。
糖基化是最復雜的蛋白后修飾之一。與其他蛋白后修飾相比，糖基化不但會產(chǎn)生宏觀不均一性（每個蛋白上可能有多個后修飾位點），更會產(chǎn)生海量的微觀不均一性（每個位點上可能有幾十甚至上百種不同的后修飾基團）。除此之外，糖鏈本身的離子化效率很低。這些因素的結(jié)合使得糖基化分析的通量和質(zhì)量遠低于蛋白質(zhì)組學的常規(guī)分析水平。本研究通過深入研究和測試質(zhì)譜條件，開發(fā)基于階梯能量的一步質(zhì)譜采集法，提高了糖肽鑒定的通量和開發(fā)具有自主產(chǎn)權(quán)的pGlyco2.0糖肽檢索引擎，從糖鏈、肽段、糖肽三個層面對糖肽數(shù)據(jù)庫檢索進行精確質(zhì)控，從而大幅提升了N糖蛋白質(zhì)組學分析的通量和質(zhì)量。
pGlyco2.0流程圖
基于重標技術的糖肽質(zhì)控新方法
此外，該研究首次將重標元素應用于糖肽鑒定準確度分析，為該領域的質(zhì)控分析提供了新的方法及標準。最后，研究報道了目前最大的糖基化數(shù)據(jù)集：在1%的假陽性率下，該研究在小鼠的五個臟器中鑒定到了超過一萬條N糖肽。
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