??? 近日，生物醫(yī)學(xué)與健康學(xué)院PI龔靜教授課題組在《Nucleic Acids Research》（IF：11.1）雜志先后發(fā)表題為“ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types” 和 “SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers”等2篇文章。系列文章對(duì)多種癌癥中遺傳變異的功能進(jìn)行深入分析，發(fā)現(xiàn)了大量可調(diào)控ncRNA和可選擇性多聚腺苷酸化（APA）的遺傳變異位點(diǎn)，構(gòu)建了在線數(shù)據(jù)庫(kù)，方便其他研究者使用。
研究表明，非編碼RNA（ncRNA）在生物學(xué)過(guò)程中具有重要功能，一些遺傳變異（SNP）可通過(guò)影響ncRNA表達(dá)而導(dǎo)致疾病。目前雖然有一些ncRNA得到深入研究，但絕大多數(shù)ncRNA的功能仍有待解析。在該研究中，研究團(tuán)隊(duì)基于TCGA的癌癥多組學(xué)數(shù)據(jù)和全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）數(shù)據(jù)，開(kāi)發(fā)了新的生物信息計(jì)算方法，系統(tǒng)鑒定了能影響ncRNA（包括lncRNA和miRNA）的表達(dá)數(shù)量性狀基因座(ncRNA-eQTL)，并進(jìn)一步整合了GWAS數(shù)據(jù)和臨床信息，鑒定了與GWAS表型或臨床信息相關(guān)的ncRNA-eQTL，并搭建了ncRNA-eQTL的數(shù)據(jù)平臺(tái)。用戶可通過(guò)ncRNA-eQTL數(shù)據(jù)庫(kù)查詢和下載所有ncRNA-eQTL結(jié)果，包括不同癌癥類型的順式和反式ncRNA-eQTL、患者存活時(shí)間相關(guān)的ncRNA-eQTL，GWAS 相關(guān)的ncRNA-eQTL。此外，該平臺(tái)提供批量查詢功能，可跨癌癥類型比較多個(gè)功能性ncRNA-eQTL或基因。該平臺(tái)為探索SNP、非編碼RNA和癌癥表型之間的關(guān)聯(lián)及其潛在的生物學(xué)機(jī)制提供極大便利。
研究結(jié)果表明，可選擇性多聚腺苷酸化（APA）可通過(guò)識(shí)別轉(zhuǎn)錄本上不同的PolyA加尾信號(hào)，使轉(zhuǎn)錄本具有不同長(zhǎng)度的3’端非翻譯區(qū)（3’UTR），從而影響其生物學(xué)功能。SNP是人類遺傳變異的最常見(jiàn)類型，在人類復(fù)雜性狀和疾病中發(fā)揮重要作用。近來(lái)發(fā)現(xiàn)，一些遺傳變異可造成APA功能失調(diào)，APA也與癌癥的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。研究團(tuán)隊(duì)利用公共數(shù)據(jù)庫(kù)多種癌癥樣本的基因型數(shù)據(jù)和APA數(shù)據(jù)，通過(guò)生物信息學(xué)方法系統(tǒng)鑒定了影響APA事件的遺傳變異（apaQTL），并根據(jù)基因調(diào)控方式定義了順式和反式apaQTL。在進(jìn)一步整合GWAS數(shù)據(jù)后，鑒定了落在GWAS區(qū)域的tag SNP及其連鎖不平衡LD區(qū)域中的apaQTL，并利用樣本的臨床信息鑒定預(yù)后相關(guān)的apaQTL。研究團(tuán)隊(duì)搭建了SNP2APA數(shù)據(jù)庫(kù)展示這些結(jié)果，同時(shí)設(shè)計(jì)了軟件在線預(yù)測(cè)SNP對(duì)多聚腺苷酸化信號(hào)的影響。該數(shù)據(jù)庫(kù)將成為APA和SNP等研究領(lǐng)域的重要資源。
論文鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz711/5549714
https://academic.oup.com/nar/advance-article-abstract/doi/10.1093/nar/gkz793/5568208
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