??? 4月26日，我院PI曹罡教授課題組與信息學院李國亮教授課題組在國際著名期刊Nature Genetics聯(lián)合發(fā)表題為“Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient andcost-effective method for chromosome conformation capture”的研究論文。該論文介紹了一種新染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)（DLO Hi-C），為解析基因組三維結(jié)構(gòu)提供了一種新型高效、經(jīng)濟的研究方法。博士生林達與洪萍為共同第一作者，曹罡教授與李國亮教授為共同通訊作者。
??? 基因編碼區(qū)在基因組序列中只占極少部分。近年來研究表明其余“基因組垃圾序列”在基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮著重要的調(diào)控功能。對染色質(zhì)構(gòu)象和三維基因組學的研究可以將基因組上原本分散的遠距離調(diào)控元件與其具體調(diào)控區(qū)域更好的關(guān)聯(lián)起來，對理解基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控、增強子與啟動子的相互作用、疾病易感位點、DNA損傷修復、基因組結(jié)構(gòu)變異和表觀遺傳有著重要的意義。
??? Hi-C技術(shù)是三維基因組學的主要研究方法，但存在實驗成本高、數(shù)據(jù)噪音大、實驗過程繁瑣等缺點。為解決這些問題，該論文提供了一種新的DLO Hi-C染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)，采用同時酶切酶連的方式，將DNA接頭連接在染色體內(nèi)切酶切口末端上，然后進行鄰近酶連，最后將用MmeI內(nèi)切酶酶切消化，回收固定大小互作DNA片段，從而大大地降低了背景數(shù)據(jù)噪音，獲取質(zhì)量高于傳統(tǒng)Hi-C的數(shù)據(jù)。DLO Hi-C技術(shù)還可以用于染色體易位位點篩選。
??? DLO Hi-C技術(shù)使全基因組染色體構(gòu)象捕獲實驗的成本大大的降低，同時簡化了實驗步驟，使得實驗成功率顯著提高，對輔助基因組組裝、解析基因組遠程調(diào)控元件的功能、理解疾病易感位點、以及檢測染色體結(jié)構(gòu)變異有著重要的意義。Nature Genetics同期發(fā)表專門評論性文章，對此項研究工作給予了較高評價“Lin et al. introduce an elegant dual-linkerstrategy that allows for noise filtering and early quality control.”
文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41588-018-0111-2
同期評論文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41588-018-0112-1
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