11月27日，我校生命學(xué)院呂杰博士在《Molecular Genetics andGenomics》在線(xiàn)發(fā)表了題目為《Identification of 4438novel lincRNAs involved in mouse pre-implantation embryonic development》的研究性論文。
該研究報(bào)道了大量在小鼠植入前發(fā)育中表達(dá)的且之前未注釋的長(zhǎng)基因間非編碼RNAs（lincRNAs）。植入前發(fā)育過(guò)程伴隨著母本殘留轉(zhuǎn)錄組的降解和合子內(nèi)父母本轉(zhuǎn)錄本的生成，稱(chēng)為合子基因組激活。植入前發(fā)育過(guò)程中，合子經(jīng)過(guò)了多次分裂，為多細(xì)胞生物的發(fā)育提供了基礎(chǔ)，直到著床為止。然而，單細(xì)胞測(cè)序的技術(shù)日漸成熟，才使得解析植入前發(fā)育的轉(zhuǎn)錄組成為可能。該研究利用單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組重建，并鑒定了4438個(gè)推測(cè)的lincRNAs。和已知基因注釋進(jìn)行整合，建立了一個(gè)包含植入前發(fā)育過(guò)程中表達(dá)的5808個(gè)lincRNAs的參考目錄。利用已建立的預(yù)測(cè)lincRNAs的管線(xiàn)對(duì)這些lincRNAs進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)新lincRNAs具有與已注釋lincRNAs相似的基因組特征，并且被染色質(zhì)修飾等功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)所證實(shí)。此外，聚類(lèi)分析發(fā)現(xiàn)合子第一次分裂形成二細(xì)胞的過(guò)程中出現(xiàn)了劇烈的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)模式的改變，并且合子該過(guò)程中差異表達(dá)的lincRNAs和啟動(dòng)子甲基化的變化呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)關(guān)系，表明lincRNAs在植入前發(fā)育受到甲基化的調(diào)控，值得進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)研究。植入前發(fā)育過(guò)程中表達(dá)的小鼠lincRNAs是進(jìn)一步功能研究的重要資源。對(duì)小鼠植入前發(fā)育的機(jī)制研究乃至對(duì)人類(lèi)輔助生殖的研究提供了重要的基礎(chǔ)。
發(fā)育生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室在國(guó)家自然科學(xué)基金（基于RNA-seq數(shù)據(jù)識(shí)別胚胎發(fā)育相關(guān)的lncRNA及新候選lncRNA的鑒定及功能研究）的支持下圍繞lincRNAs展開(kāi)了生物信息學(xué)和實(shí)驗(yàn)研究?jī)煞矫娴墓ぷ?，在《Nucleic Acids Research》（IF: 8.8）、《PLoS ONE》（IF: 3.5）、《Molecular Genetics andGenomics》（IF: 2.8）、《Molecules & Cells》（IF: 2.2）等期刊發(fā)表了許多重要的研究成果，篩選了在動(dòng)物器官發(fā)育中具有重要意義的lincRNAs，為進(jìn)一步的功能研究奠定了基礎(chǔ)。
文章鏈接：http://link.springer.com/article/10.1007/s00438-014-0952-z
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