生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)室蔣慶華副教授在長(zhǎng)非編碼RNA(lncRNA)研究方面取得系列進(jìn)展,相關(guān)研究成果于今年相繼發(fā)表在《BioMed Researchinternational》(IF:2.71), 《NucleicAcids Research》(IF:8.81), 《BMCgenomics》 (IF:4.04)等期刊。
長(zhǎng)非編碼RNA(lncRNA)是一類(lèi)長(zhǎng)度大于200的非編碼RNA轉(zhuǎn)錄本,主要在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后等層面調(diào)控基因的表達(dá)。ENCODE計(jì)劃研究結(jié)果顯示人類(lèi)基因組中已經(jīng)識(shí)別出15000多個(gè)lncRNA基因,但是,絕大部分lncRNA基因本身如何被轉(zhuǎn)錄調(diào)控、行使何種生物學(xué)功能以及調(diào)控哪些靶基因等問(wèn)題尚未清楚。針對(duì)這些問(wèn)題,蔣慶華副教授通過(guò)分析ChIP-seq數(shù)據(jù),識(shí)別了潛在的調(diào)控~10000個(gè)lncRNA基因的轉(zhuǎn)錄因子,通過(guò)分析RNA-seq數(shù)據(jù),預(yù)測(cè)了9000個(gè)lncRNA基因的功能,通過(guò)分析lncRNA敲除前后的基因芯片及RNA-seq數(shù)據(jù)、識(shí)別了lncRNA直接或間接的靶基因,并開(kāi)發(fā)了相應(yīng)的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)及分析平臺(tái)。這些研究對(duì)于進(jìn)一步認(rèn)識(shí)lncRNA具有一定的意義。
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