長非編碼RNAs (lncRNAs)是一類長度大于200的非編碼RNAs的RNA轉(zhuǎn)錄本。在過去的幾年內(nèi)，長非編碼RNAs受到世界范圍內(nèi)的廣泛關(guān)注。肝臟是葡萄糖代謝和體內(nèi)代謝平衡的重要器官。然而，在肝臟中對lncRNAs的鑒定和功能注釋工作還遠遠未達到揭示肝臟功能發(fā)揮的地步。因此，有必要全面而系統(tǒng)地鑒定肝臟發(fā)育涉及的lncRNAs。在這篇文章里，我們系統(tǒng)地組裝了三套小鼠肝發(fā)育時期的RNA-Seq數(shù)據(jù)，并鑒定了4882個推測的lincRNAs。和已知的基因注釋進行比較后，我們建立了一個包含小鼠肝臟表達的6602個轉(zhuǎn)錄本的目錄，并發(fā)現(xiàn)lincRNAs與編碼基因之間存在較大的基因組水平的差異，而已知和新推測的lincRNAs差別不大。此外，功能富集分析發(fā)現(xiàn)推測的lincRNAs和基本的生物學(xué)過程包括RNA剪切、蛋白定位和脂肪代謝過程相關(guān)，暗示lincRNAs在肝發(fā)育中發(fā)揮著重要作用。對挑選的兩個胚胎特異表達的lincRNAs進行驗證后發(fā)現(xiàn)它們的qRT-PCR數(shù)據(jù)和RNA-Seq數(shù)據(jù)吻合度較高，表明了我們方法的有效性。我們的研究成果表明差異表達的lincRNAs可能在肝發(fā)育中發(fā)揮重要調(diào)控作用。鑒定的推測的lincRNAs是進一步功能研究的重要資源。
文章鏈接：http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00438-014-0882-9
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