2021年10月5日,雜交水稻國家重點實驗室、武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院黃文超副研究員小組在植物學(xué)領(lǐng)域知名雜志《Plant Physiology》(IF= 8.340)發(fā)表了雜種優(yōu)勢研究的新進展,論文題目為“The metabolomic landscape of rice heterosis highlights pathway biomarkers for predicting complex phenotypes”。 武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院博士后但志武為論文第一作者,黃文超副研究員為通訊作者,該研究得到了國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金、國家水稻產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系和中國博士后科學(xué)基金的資助。
該研究首先利用機器學(xué)習(xí)的方法,分別鑒定了水稻雜交后代F1的單株產(chǎn)量、結(jié)實率、分孽數(shù)、穗粒數(shù)、千粒重和株高六個重要農(nóng)藝性狀的雜種優(yōu)勢相關(guān)代謝分析物,發(fā)現(xiàn)不同性狀重疊的代謝分析物決定了其在表型水平的相關(guān)模式,且四個產(chǎn)量成分性狀和株高協(xié)同貢獻于產(chǎn)量雜種優(yōu)勢;緊接著,對高、低雜種優(yōu)勢個體進行差異代謝網(wǎng)絡(luò)分析后發(fā)現(xiàn),顯著富集的代謝通路主要來自于氨基酸代謝和碳水化合物代謝,且二者表現(xiàn)出相反的調(diào)節(jié)趨勢;基于所研究性狀之間重疊的代謝通路,繪制了水稻生殖性狀和營養(yǎng)性狀雜種優(yōu)勢的代謝組學(xué)景觀,并利用產(chǎn)量雜種優(yōu)勢顯著富集代謝通路的代謝水平,開發(fā)出產(chǎn)量雜種優(yōu)勢的代謝通路生物標(biāo)志物,用于預(yù)測來自于不同環(huán)境下不同群體雜交后代F1的產(chǎn)量雜種優(yōu)勢。總之,該研究初步揭示了氨基酸代謝和碳水化合物代謝之間、營養(yǎng)性狀和生殖性狀之間的平衡,在產(chǎn)量雜種優(yōu)勢中的貢獻。同時,由于代謝通路生物標(biāo)志物涵蓋了通路水平的整體信息,在預(yù)測模型中同時納入了顯著和“不顯著”的預(yù)測變量,因此可以緩解分子異質(zhì)性和環(huán)境差異對預(yù)測能力的影響,進而為輔助選育高產(chǎn)及廣適型雜交水稻提供了新思路。
圖1 參與水稻雜種優(yōu)勢的代謝通路以及代謝水平
據(jù)悉,該小組十二年前就在朱英國院士的帶領(lǐng)下開始水稻雜種優(yōu)勢研究,聚焦在紅蓮型雜交水稻和水稻秈粳亞種雜種優(yōu)勢這兩方面。2015年,課題組成功克隆到紅蓮型雜交水稻的新恢復(fù)基因Rf6并初步解析了其分子機理,相關(guān)成果在PNAS上發(fā)表;2019年,他們發(fā)現(xiàn)代謝分子可進行水稻雜交后代F1的表型預(yù)測,構(gòu)建了預(yù)測模型并成功對F1的千粒重進行了預(yù)測,相關(guān)成果發(fā)表于工程技術(shù)領(lǐng)域重要雜志《Plant Biotechnology Journal》(IF= 9.803)。
論文鏈接:https://academic.oup.com/plphys/article/187/2/1011/6298605
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