華大生科訊 近期，我院張征鋒老師在作物抗逆的生物信息學(xué)研究領(lǐng)域取得系列進(jìn)展，研究成果分別發(fā)表于“自然”子刊Scientific Reports和植物學(xué)優(yōu)秀期刊Plant Physiology。
干旱脅迫是影響植物生長(zhǎng)的主要環(huán)境因子之一，近年來(lái)高通量測(cè)序技術(shù)與生物信息學(xué)的飛速發(fā)展為進(jìn)一步深入研究脅迫應(yīng)答機(jī)制提供了良好的契機(jī)。 在以水稻與旱稻為實(shí)驗(yàn)材料進(jìn)行干旱脅迫下的比較轉(zhuǎn)錄組分析中，張征鋒老師與華中農(nóng)業(yè)大學(xué)團(tuán)隊(duì)合作挖掘到436個(gè)水稻與旱稻中差異表達(dá)的基因，并預(yù)測(cè)其主要功能與脅迫防御相關(guān)；在兩個(gè)研究品系中檢測(cè)到豐富的變異，包括70264個(gè)SNPs及2564個(gè)INDELs；1041個(gè)直系同源基因被檢測(cè)在水稻與旱稻分化過(guò)程中受到強(qiáng)烈正選擇，多數(shù)基因富集在光合作用系統(tǒng)中；與干旱脅迫下光合作用參數(shù)相關(guān)QTLs的整合分析揭示了受正選擇的光合作用基因位于這些調(diào)控植物干旱脅迫響應(yīng)的數(shù)量性狀位點(diǎn)內(nèi)；進(jìn)一步的生理實(shí)驗(yàn)也證明了光合作用機(jī)器在水稻與旱稻之間的差異是旱稻應(yīng)答干旱脅迫過(guò)程中的重要優(yōu)勢(shì)所在。另外，張征鋒老師與比利時(shí)安特衛(wèi)普大學(xué)團(tuán)隊(duì)合作，參與完成玉米干旱脅迫下苗期葉片基因表達(dá)的芯片數(shù)據(jù)分析及細(xì)胞動(dòng)力學(xué)分析。該系列成果為今后作物適應(yīng)干旱脅迫的進(jìn)一步深入研究打下了良好基礎(chǔ)。
據(jù)悉，張征鋒老師近年來(lái)致力于計(jì)算生物學(xué)和遺傳學(xué)的研究，主要研究方向涉及比較基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究相關(guān)的高通量數(shù)據(jù)分析（基因差異表達(dá)、選擇性剪切、基因進(jìn)化選擇模式、遺傳變異）、微生物宏基因組數(shù)據(jù)分析、基因家族與代謝路徑進(jìn)化分析、植物生長(zhǎng)的細(xì)胞動(dòng)力學(xué)分析等。
文章鏈接：http://www.nature.com/articles/srep19349
http://www.plantphysiol.org/content/169/2/1382.long
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