李婷婷課題組Nucleic Acids Res 發(fā)文報告蛋白質液-液相分離數(shù)據(jù)庫（PhaSepDB）
2019年10月4日，北京大學基礎醫(yī)學院醫(yī)學生物信息學系李婷婷研究組、清華大學陳陽研究組、歐洲生物信息研究所Henning Hermjakob研究組在Nucleic Acids Research雜志上在線發(fā)表文章“PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins”，發(fā)布了目前首個包含體內外實驗驗證的液-液相分離相關蛋白質數(shù)據(jù)庫PhaSepDB（圖1），為進一步研究體內外蛋白質液-液相分離形成機制、蛋白特征以及在病理過程中潛在作用提供數(shù)據(jù)支持。
圖1：PhaSepDB數(shù)據(jù)收集流程及數(shù)據(jù)庫架構
蛋白質液-液相分離(Liquid-liquid phase separation, LLPS)，是細胞內眾多無膜細胞器(membraneless organelles)和生物分子凝聚體(biomolecular condensates)動態(tài)組裝的主要驅動力。鑒定相分離蛋白需要多種實驗，其中，體外重構相分離實驗通過嚴格控制各種條件，可以更方便地研究相分離現(xiàn)象；而細胞內，尤其是生理條件下相分離現(xiàn)象的鑒別檢測，對于研究相分離蛋白的生物學功能不可或缺。近年來，圍繞相分離的研究不斷涌現(xiàn)，發(fā)現(xiàn)了各種新的相分離相關蛋白，涉及到許多重要的生物學過程。但是，領域內卻缺乏系統(tǒng)性整合體內外實驗驗證的相分離相關蛋白數(shù)據(jù)庫。
PhaSepDB對近年來發(fā)表文獻、Uniprot數(shù)據(jù)庫內已有相分離相關蛋白信息進行人工記錄及整合，目前已收錄2914個相關蛋白的4018條信息，涵蓋三十多種無膜細胞器，提供相分離相關蛋白介紹、蛋白物質狀態(tài)、相關突變或疾病、對應文獻內容、相分離相關序列特征分析以及免疫熒光圖像；同時，相應網站（http://db.phasep.pro/）提供基于無膜細胞器的圖形化導航（圖2），并支持搜索以及下載相分離相關蛋白。數(shù)據(jù)庫將會持續(xù)更新，歡迎大家使用并提供寶貴意見。
圖2：數(shù)據(jù)庫圖形化導航
北京大學基礎醫(yī)學院八年制博士生游鎧強、第二臨床醫(yī)學院八年制本科生黃齊、基礎醫(yī)學院八年制博士生余春雨為論文共同第一作者,李婷婷副教授、陳陽助理研究員、Henning Hermjakob研究員為共同通訊作者。
原文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkz847
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