清華大學醫(yī)學院向燁研究組于2019年5月30日在《自然 通訊》(Nature Communications)雜志在線發(fā)表題為“Structural assembly of the tailed bacteriophage ?29”(有尾噬菌體?29組裝成熟機制結構生物學研究)的研究論文。文章采用結構生物學手段來揭示噬菌體?29在組裝成熟過程中如何感知并終止病毒基因組DNA轉運包裝,以及感染過程中病毒是如何釋放其基因組DNA等一系列過程的分子機制。
噬菌體?29是目前研究較為廣泛的有尾非包膜病毒之一。它通過其非收縮性短尾結構侵染并將病毒基因組DNA注入宿主枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)中。在病毒感染后期,病毒結構蛋白首先組裝形成一個空的前體衣殼頭部(prohead)。隨后位于病毒前體衣殼頭部一端的頭尾連接蛋白(connector)附近組裝形成DNA包裝分子馬達,其能利用水解ATP所得的能量將病毒基因組DNA包裝進空的前體衣殼中。在整個病毒基因組DNA的包裝完成后,病毒終止DNA包裝,拋棄DNA包裝分子馬達,隨即尾部相關蛋白相繼組裝形成成熟的病毒顆粒。在這一過程中,病毒是如何感知基因組DNA包裝的進度并通過什么機制來終止該過程,目前還不是很清楚。
本研究主要通過冷凍電鏡單顆粒三維重構方法解析得到噬菌體?29病毒三種不同狀態(tài)的高分辨結構,即前體衣殼、成熟病毒顆粒以及DNA釋放后的空病毒顆粒。通過比較前體衣殼和成熟病毒顆粒結構,發(fā)現(xiàn)?29能夠利用其基因組DNA包裝過程中在衣殼中緊密堆積的DNA所產(chǎn)生的壓力以及DNA末端特殊的環(huán)狀結構(toroid structure)來精細地控制整個包裝過程。在二者相互作用下,頭尾連接蛋白在轉運后期發(fā)生空間和構象上的變化,進而導致分子轉運馬達結構的脫落而終止了DNA轉運過程。另外,比較?29病毒顆粒在DNA釋放前后病毒尾部結構的變化,發(fā)現(xiàn)gene protein 11(gp11)結構的變化可能破壞原先其內腔與病毒DNA相互作用的穩(wěn)態(tài),從而引發(fā)病毒DNA的釋放。綜合一系列結果從結構生物學層面上闡明了噬菌體?29組裝和感染相關的詳細分子機制。
此項工作由醫(yī)學院向燁實驗組獨立完成。向燁博士為論文通訊作者,已畢業(yè)2013級博士生許靖蔚為第一作者,2014級博士生王點紅和桂淼博士參與了該項工作。該研究得到科技部重大研發(fā)計劃(2016YFA0501100)、國家自然科學基金(21827810,31861143027和31470721)和北京清華大學結構生物學高精尖創(chuàng)新中心的大力支持。同時項目也得到上海同步輻射設施及國家蛋白質科學研究(北京)設施清華基地在數(shù)據(jù)收集上的大力支持。
◎文章鏈接:https://www.nature.com/articles/s41467-019-10272-3
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