生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)室在Cell發(fā)表合作研究論文
? ? ?生命科學(xué)學(xué)院陳銘教授課題組與浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院郭國驥課題組2018年2月22日在Cell期刊上發(fā)表題為“Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-seq”的合作研究論文。
該研究利用自主開發(fā)的一套完全國產(chǎn)化的Microwell-seq高通量單細(xì)胞測序平臺(tái)，對來自小鼠近50種器官和組織的40余萬個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了系統(tǒng)性的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析，并構(gòu)建了首個(gè)哺乳動(dòng)物細(xì)胞圖譜。此外，在提升現(xiàn)有單細(xì)胞技術(shù)精確度的同時(shí)，該新技術(shù)的出現(xiàn)還使得單細(xì)胞測序文庫的構(gòu)建成本降低了一個(gè)數(shù)量級(jí)。
該研究全面蓋了哺乳動(dòng)物體內(nèi)的各種主要細(xì)胞類型，并對每一種器官內(nèi)的組織細(xì)胞亞型，基質(zhì)細(xì)胞亞型，血管內(nèi)皮細(xì)胞亞型，和免疫細(xì)胞亞型進(jìn)行了詳細(xì)的描述，繪制了一幅“細(xì)胞地圖”。研究發(fā)現(xiàn)來自于不同組織的基質(zhì)細(xì)胞，擁有完全不同的基因表達(dá)特征，對組織特異性微環(huán)境行使重要的調(diào)節(jié)作用。
同時(shí)該項(xiàng)工作構(gòu)建了小鼠單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫以及小鼠細(xì)胞圖譜網(wǎng)站（http://bis.zju.edu.cn/MCA/）。該網(wǎng)站不僅擁有互動(dòng)性的數(shù)據(jù)展示和基因搜索界面，還提供了強(qiáng)大的單細(xì)胞數(shù)據(jù)比對系統(tǒng)。任何單細(xì)胞表達(dá)譜數(shù)據(jù)都可以通過單細(xì)胞比對分析，尋找到它所對應(yīng)的細(xì)胞類型和來源。這套系統(tǒng)將對細(xì)胞命運(yùn)決定的機(jī)制性研究，再生醫(yī)學(xué)的移植前細(xì)胞鑒定以及臨床疾病的細(xì)胞水平診斷帶來深遠(yuǎn)的影響。
周銀聰博士研究生為文章的共同第一作者，陳銘教授為共同作者。
Xiaoping Han*,+, Renying Wang+, Yincong Zhou+, Lijiang Fei+, Huiyu Sun+, Shujing Lai, AssiehSaadatpour, Zimin Zhou, Haide Chen, Fang Ye, Daosheng Huang, Yang Xu, Wentao Huang, Mengmeng Jiang, Xinyi Jiang, Jie Mao, Yao Chen, Chenyu Lu, JinXie, Qun Fang, Yibin Wang, Rui Yue, Tiefeng Li, He Huang, Stuart H. Orkin, Guo-Cheng Yuan, Ming Chen & Guoji Guo* (2018)172: 1091-1107（IF5=34.103）.全文鏈接：http://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(18)30116-8.pdf
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