韓家淮教授團(tuán)隊開發(fā)新的針對定量質(zhì)譜SWATH-MS數(shù)據(jù)處理軟件
???????????
??? 2015年10月6日，我院韓家淮教授課題組在Nature子刊《Nature Methods》上發(fā)表題為“Group-DIA: analyzing multiple data-independent acquisition mass spectrometry data files”的文章。
??? 在生物學(xué)研究中，比較多個樣品中蛋白量的變化是經(jīng)常要解決的問題。定量蛋白組作為一個很重要的技術(shù)手段，經(jīng)常被用來尋找多個生物樣品中有差異變化的蛋白。SWATH-MS是一種新型的蛋白質(zhì)定量技術(shù)，其擁有高定量精度和良好的多樣品定量一致性等特點(diǎn)，可以用來尋找多個生物樣品中的差異表達(dá)蛋白。雖然SWATH-MS技術(shù)具有很多優(yōu)點(diǎn)，但是其數(shù)據(jù)處理一直是個難題?，F(xiàn)有兩款軟件OpenSWATH和DIA-Umpire，其中OpenSWATH作為最先被報道的軟件，其在數(shù)據(jù)處理方面較繁瑣，DIA-Umpire在數(shù)據(jù)處理方面具有優(yōu)勢，但鑒定肽段數(shù)量方面稍顯弱勢。韓家淮課題組開發(fā)了一個名為Group-DIA的SWATH數(shù)據(jù)處理軟件，其在數(shù)據(jù)處理方面和DIA-Umpire具有相同優(yōu)勢，在鑒定肽段數(shù)量方面比DIA-Umpire軟件多30-50%。韓家淮課題組研究人員對TNFR1（TNF 受體蛋白1）免疫共沉淀樣品的SWATH數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析，發(fā)現(xiàn)Group-DIA軟件可以比其他兩款軟件鑒定出更多的TNFR1相互作用蛋白，假陽性率則較其他兩款軟件低。綜上所述，Group-DIA軟件是目前分析SWATH數(shù)據(jù)最好的軟件，它的開發(fā)推動了SWATH-MS在生物學(xué)研究中的應(yīng)用，為尋找信號通路中的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)蛋白提供了很好的途徑。
??? 該論文主要工作由博士生李淵越和博士后鐘傳奇承擔(dān)，通訊作者為博士后鐘傳奇和韓家淮教授。
（生科辦）
?
?
版權(quán)與免責(zé)聲明：本網(wǎng)頁的內(nèi)容由收集互聯(lián)網(wǎng)上公開發(fā)布的信息整理獲得。目的在于傳遞信息及分享，并不意味著贊同其觀點(diǎn)或證實其真實性，也不構(gòu)成其他建議。僅提供交流平臺，不為其版權(quán)負(fù)責(zé)。如涉及侵權(quán)，請聯(lián)系我們及時修改或刪除。郵箱：sales@allpeptide.com