《核酸研究》發(fā)表周宇教授和朱玉賢院士課題組錦葵科植物功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫研究成果
2019年10月30日，國際知名期刊Nucleic Acids Research（核酸研究，影響因子11.147）在線發(fā)表了來自武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院周宇教授和朱玉賢院士課題組在錦葵科植物功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫建設(shè)方面聯(lián)合取得的最新研究成果。該工作為植物學(xué)家開展錦葵科植物比較基因組學(xué)分析提供了有力的在線分析工具。
論文題為“MaGenDB: a functional genomics hub for Malvaceae plants（MaGenDB：錦葵科植物功能基因組學(xué)集成數(shù)據(jù)庫）”。生命科學(xué)學(xué)院博士研究生王得和、樊偉良和郭曉龍為論文共同第一作者，周宇教授、朱玉賢院士和王坤副研究員為論文的共同通訊作者。該工作得到了國家自然科學(xué)基金、科技部、武漢大學(xué)自主科研交叉學(xué)科等項目的資助。
錦葵科是植物界重要的一個分支類群，包括許多重要的經(jīng)濟(jì)作物，如種子和莖皮纖維來源的棉花和黃麻、制造可可粉和“巧克力糖”原料的可可、熱帶著名“水果之王”榴蓮、觀賞花卉植物木槿和優(yōu)良木材來源的椴樹等。隨著全球越來越多錦葵科植物基因組的陸續(xù)解析，及相關(guān)轉(zhuǎn)錄調(diào)控等高通量數(shù)據(jù)的積累，研究者迫切需要一個能夠整合基因組、表觀修飾組、轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組等多層次數(shù)據(jù)的比較工具，對植物特異科屬的特定生物學(xué)過程或基因家族的基因序列、結(jié)構(gòu)、轉(zhuǎn)錄調(diào)控等進(jìn)行比較分析。為此，周宇教授和朱玉賢院士、王坤副研究員合作，共同構(gòu)建了首個錦葵科植物功能基因組學(xué)網(wǎng)站-MaGenDB (http://magen.whu.edu.cn)。截至目前，MaGenDB共收錄了錦葵科9個屬共13個物種的基因組以及相應(yīng)的全基因組關(guān)聯(lián)分析位點（GWAS）和單核苷酸變異位點（SNP）信息；收錄并處理了包括RNA-seq和蛋白質(zhì)譜等在內(nèi)的9種共374套組學(xué)數(shù)據(jù)；預(yù)測鑒定出2485萬個不同類型的功能元件、2897萬個基因共線性關(guān)系以及1.7億個蛋白-蛋白相互作用對。該數(shù)據(jù)庫獨立設(shè)計并開發(fā)出多種可視化組件與基因組在線比較工具，并通過有效關(guān)聯(lián)將不同類型的數(shù)據(jù)有機(jī)整合到了一起，為用戶提供了友好的數(shù)據(jù)檢索、下載和在線分析服務(wù)。
該工作也是兩個研究團(tuán)隊，繼不久前剛剛在自然子刊《Nature Communications》合作發(fā)表有關(guān)亞洲棉的精細(xì)轉(zhuǎn)錄組圖譜工作之后，所取得的又一個重要研究成果。
論文在線網(wǎng)址：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz953/5609523
圖片介紹如下：
圖注：MaGenDB的構(gòu)建和功能介紹
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