近年來，隨著二代測序技術(shù)在small RNA研究領(lǐng)域的廣泛應用，證實了miRNA異構(gòu)體（isomiR）的存在。isomiR在動植物的生理和病理狀態(tài)下發(fā)揮著重要調(diào)控作用，但相關(guān)的生物信息學資源罕見報道。
為了解決isomiR領(lǐng)域缺乏專業(yè)數(shù)據(jù)庫的問題，史慶華教授研究組利用自主研發(fā)的CPSS算法對來自8個物種的2727組小RNA測序數(shù)據(jù)進行了深度挖掘，共發(fā)現(xiàn)來源于4706種成熟miRNA的308919種isomiR。進一步分析表明，isomiR在物種間存在保守性。相關(guān)結(jié)果以“IsomiR Bank: a research resource for tracking IsomiRs”為題發(fā)表在《Bioinformatics》雜志上。
此外，為了解決缺乏isomiR系統(tǒng)分析工具的問題，史慶華教授研究組開發(fā)了針對二代測序數(shù)據(jù)的isomiR檢測和注釋工具-DeAnnIso。該工具可以檢測小RNA測序數(shù)據(jù)中的isomiR，并篩選出樣本間差異表達的isomiR。對檢測到的isomiR提供系統(tǒng)注釋，包括isomiR的表達信息、分類信息、基因組SNP信息。用戶可以方便地篩選出特定類型的isomiR，利用DeAnnIso提供的靶基因預測和富集分析模塊來深入研究isomiR對下游靶基因的影響。該研究組成功利用DeAnnIso對Spo11敲除小鼠睪丸小RNA測序數(shù)據(jù)進行分析，發(fā)現(xiàn)iso-miR-30a-5p在其seed序列存在一個A-G的堿基替換，并特異的識別靶基因Polb。相關(guān)結(jié)果以“DeAnnIso: a tool for online detection and annotation of isomiRs from small RNA sequencing data”為題發(fā)表在《Nucleic Acids Res》雜志上。
該工作在史慶華教授指導下，由生命學院特任副研究員張遠偉帶領(lǐng)BioStaCs小組完成。研究工作得到了國家科技部、基金委和中科院等支持。
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