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專(zhuān)注多肽 服務(wù)科研
人親環(huán)蛋白與底物Suc-AGPF-pNA形成的復(fù)合物的結(jié)構(gòu)。
編號(hào):160116
CAS號(hào):128802-77-7
單字母:Suc-AGPF-pNA
編號(hào): | 160116 |
中文名稱(chēng): | 肽基脯氨酰異構(gòu)酶底物:Suc-AGPF-對(duì)硝基苯胺 |
英文名: | Suc-Ala-Gly-Pro-Phe-pNA |
CAS號(hào): | 128802-77-7 |
單字母: | Suc-AGPF-pNA |
三字母: | Suc N端丁二酸修飾 -Ala丙氨酸 -Gly甘氨酸 -Pro脯氨酸 -Phe苯丙氨酸 -pNA對(duì)硝基苯胺 |
氨基酸個(gè)數(shù): | 4 |
分子式: | C29H34O9N6 |
平均分子量: | 610.62 |
精確分子量: | 610.24 |
等電點(diǎn)(PI): | - |
pH=7.0時(shí)的凈電荷數(shù): | - |
平均親水性: | -1.5 |
疏水性值: | 0.65 |
消光系數(shù): | - |
來(lái)源: | 人工化學(xué)合成,僅限科學(xué)研究使用,不得用于人體。 |
鹽體系: | 可選TFA、HAc、HCl或其它 |
儲(chǔ)存條件: | 負(fù)80℃至負(fù)20℃ |
標(biāo)簽: | pNA修飾肽 Suc修飾肽 |
Davis et al studied the structures of complexes formed by human cyclophilins with the substrate Suc-AGPF-pNA.
DOI | 名稱(chēng) | |
---|---|---|
10.1021/jm020865i | Synthesis and evaluation of Glypsi(PO(2)R-N)Pro-containing pseudopeptides as novel inhibitors of the human cyclophilin hCyp-18 | 下載 |
10.1515/znc-2006-5-623 | Catalytic efficiencies of alkaline proteinases from microorganisms | 下載 |
10.1371/journal.pbio.1000439 | Structural and biochemical characterization of the human cyclophilin family of peptidyl-prolyl isomerases | 下載 |
多肽Suc-Ala-Gly-Pro-Phe-pNA的合成步驟:
1、合成CTC樹(shù)脂:稱(chēng)取2.67g CTC Resin(如初始取代度約為1.05mmol/g)和3.36mmol Fmoc-Phe-OH于反應(yīng)器中,加入適量DCM溶解氨基酸(需要注意,此時(shí)CTC樹(shù)脂體積會(huì)增大好幾倍,避免DCM溶液過(guò)少),再加入8.41mmol DIPEA(Mw:129.1,d:0.740g/ml),反應(yīng)2-3小時(shí)后,可不抽濾溶液,直接加入1ml的HPLC級(jí)甲醇,封端半小時(shí)。依次用DMF洗滌2次,甲醇洗滌1次,DCM洗滌一次,甲醇洗滌一次,DCM洗滌一次,DMF洗滌2次(這里使用甲醇和DCM交替洗滌,是為了更好地去除其他溶質(zhì),有利于后續(xù)反應(yīng))。得到 Fmoc-Phe-CTC Resin。結(jié)構(gòu)圖如下:
2、脫Fmoc:加3倍樹(shù)脂體積的20%Pip/DMF溶液,鼓氮?dú)?0分鐘,然后2倍樹(shù)脂體積的DMF 洗滌5次。得到 H2N-Phe-CTC Resin 。(此步驟脫除Fmoc基團(tuán),茚三酮檢測(cè)為藍(lán)色,Pip為哌啶)。結(jié)構(gòu)圖如下:
3、縮合:取8.41mmol Fmoc-Pro-OH 氨基酸,加入到上述樹(shù)脂里,加適當(dāng)DMF溶解氨基酸,再依次加入16.82mmol DIPEA,7.99mmol HBTU。反應(yīng)30分鐘后,取小樣洗滌,茚三酮檢測(cè)為無(wú)色。用2倍樹(shù)脂體積的DMF 洗滌3次樹(shù)脂。(洗滌樹(shù)脂,去掉殘留溶劑,為下一步反應(yīng)做準(zhǔn)備)。得到Fmoc-Pro-Phe-CTC Resin。氨基酸:DIPEA:HBTU:樹(shù)脂=3:6:2.85:1(摩爾比)。結(jié)構(gòu)圖如下:
4、依次循環(huán)步驟二、步驟三,依次得到
H2N-Pro-Phe-CTC Resin
Fmoc-Gly-Pro-Phe-CTC Resin
H2N-Gly-Pro-Phe-CTC Resin
Fmoc-Ala-Gly-Pro-Phe-CTC Resin
以上中間結(jié)構(gòu),均可在專(zhuān)肽生物多肽計(jì)算器-多肽結(jié)構(gòu)計(jì)算器中,一鍵畫(huà)出。
最后再經(jīng)過(guò)步驟二得到 H2N-Ala-Gly-Pro-Phe-CTC Resin,結(jié)構(gòu)如下:
5、丁二酸反應(yīng)連接:在上述樹(shù)脂中,加入適當(dāng)DMF后,再加入8.41mmol丁二酸到樹(shù)脂中,再加入16.82mmol DIPEA,鼓氮?dú)夥磻?yīng)30分鐘。用2倍樹(shù)脂體積的DMF 洗滌3次樹(shù)脂(洗滌樹(shù)脂,去掉殘留溶劑,為下一步反應(yīng)做準(zhǔn)備)。 得到Suc-Ala-Gly-Pro-Phe-CTC Resin。 結(jié)構(gòu)如下:
6、全保護(hù)切割:配置0.5%TFA/DCM溶液,溶液體積約為樹(shù)脂體積的3倍。再次用DCM洗滌樹(shù)脂2遍(去除殘留DMF),后將配置好的溶液倒入到反應(yīng)器中,反應(yīng)30分鐘。抽濾樹(shù)脂,收集濾液(此時(shí)多肽已經(jīng)從樹(shù)脂上分離,存在于濾液中)。多肽序列為 Suc-Ala-Gly-Pro-Phe-CTC Resin。 在濾液中添加DIEPA,調(diào)PH至7-8。用飽和NaHCO3洗滌濾液,分離出DCM層溶液??蛇m當(dāng)旋蒸DCM層溶液,減少有機(jī)溶劑。再次加入1或2倍體積的乙酸乙酯,用稀HCl溶液調(diào)PH至微酸性,將多肽從DCM層萃取到乙酸乙酯層。用飽和NaCl洗滌2次乙酸乙酯層。用無(wú)水硫酸鎂吸收乙酸乙酯層的水分。通過(guò)減壓旋蒸,直接將乙酸乙酯完全旋蒸掉,得到晶體狀固體多肽,用于下一步C端反應(yīng)。或通過(guò)減壓旋蒸保留適量乙酸乙酯的溶液體積,加入冰乙醚析出 多肽,然后對(duì)多肽進(jìn)行烘干操作即可用于下一步C端反應(yīng)。Suc-Ala-Gly-Pro-Phe-COOH的結(jié)構(gòu)圖如下。
7、4-硝基苯胺反應(yīng)連接:在上述樹(shù)脂中,加入適當(dāng)DMF后,再加入8.41mmol 4-硝基苯胺到樹(shù)脂中,再加入16.82mmol DIPEA、7.99mmol HBTU,鼓氮?dú)夥磻?yīng)30分鐘。用2倍樹(shù)脂體積的DMF 洗滌3次樹(shù)脂(洗滌樹(shù)脂,去掉殘留溶劑,為下一步反應(yīng)做準(zhǔn)備)。 得到 Suc-Ala-Gly-Pro-Phe-pNA。 結(jié)構(gòu)如下:
8、切割:6倍樹(shù)脂體積的切割液(或每1g樹(shù)脂加8ml左右的切割液),搖床搖晃 2小時(shí),過(guò)濾掉樹(shù)脂,用冰無(wú)水乙醚沉淀濾液,并用冰無(wú)水乙醚洗滌沉淀物3次,最后將沉淀物放真空干燥釜中,常溫干燥24小試,得到粗品Suc-Ala-Gly-Pro-Phe-pNA。結(jié)構(gòu)圖見(jiàn)產(chǎn)品結(jié)構(gòu)圖。
切割液選擇:1)TFA:H2O=95%:5%
2)TFA:H2O:TIS=95%:2.5%:2.5%
3)三氟乙酸:茴香硫醚:1,2-乙二硫醇:苯酚:水=87.5%:5%:2.5%:2.5%:2.5%
(前兩種適合沒(méi)有容易氧化的氨基酸,例如Trp、Cys、Met。第三種適合幾乎所有的序列。)
9、純化凍干:使用液相色譜純化,收集目標(biāo)峰液體,進(jìn)行凍干,獲得蓬松的粉末狀固體多肽。不過(guò)這時(shí)要取小樣復(fù)測(cè)下純度 是否目標(biāo)純度。
10、最后總結(jié):
杭州專(zhuān)肽生物技術(shù)有限公司(ALLPEPTIDE http://amynixphotography.com)主營(yíng)定制多肽合成業(yè)務(wù),提供各類(lèi)長(zhǎng)肽,短肽,環(huán)肽,提供各類(lèi)修飾肽,如:熒光標(biāo)記修飾(CY3、CY5、CY5.5、CY7、FAM、FITC、Rhodamine B、TAMRA等),功能基團(tuán)修飾肽(疊氮、炔基、DBCO、DOTA、NOTA等),同位素標(biāo)記肽(N15、C13),訂書(shū)肽(Stapled Peptide),脂肪酸修飾肽(Pal、Myr、Ste),磷酸化修飾肽(P-Ser、P-Thr、P-Tyr),環(huán)肽(酰胺鍵環(huán)肽、一對(duì)或者多對(duì)二硫鍵環(huán)),生物素標(biāo)記肽,PEG修飾肽,甲基化修飾肽等。
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