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CCMS 開創(chuàng)的光譜網(wǎng)絡(luò)范式在三個(gè)基本方面不同于解釋串聯(lián)質(zhì)譜的主流范式。首先，光譜網(wǎng)絡(luò)基于將光譜與其他光譜而不是與蛋白質(zhì)序列進(jìn)行匹配。其次，光譜網(wǎng)絡(luò)甚至在考慮可能的識別之前就從相關(guān)肽（例如，修飾/未修飾或重疊序列變體）中找到光譜。第三，光譜網(wǎng)絡(luò)確定來自相關(guān)肽的光譜組的一致識別，而不是單獨(dú)嘗試一次識別每個(gè)光譜。

未知蛋白質(zhì)的全長從頭測序仍然是一個(gè)具有挑戰(zhàn)性的開放性問題。單獨(dú)對光譜進(jìn)行測序的傳統(tǒng)方法受到肽長度短、肽片段不完整和從頭解釋模棱兩可的限制。我們通過確定來自重疊肽的組裝串聯(lián)質(zhì)譜 (MS/MS) 光譜的共有序列來解決這些問題（例如，通過使用多種酶消化）。我們將電子轉(zhuǎn)移解離 (ETD) 與碰撞誘導(dǎo)解離 (CID) 和高能碰撞誘導(dǎo)解離 (HCD) 碎裂方法相結(jié)合，以促進(jìn)對長高電荷肽的解釋，并利用確證的 b/y/c /z 離子在 CID/HCD/ETD。使用這些策略，