Fisk Lab 的基于熒光的有義密碼子重新分配屏幕。我們的篩選評估了反密碼子修飾的 tRNA 結(jié)合酪氨酸 (Tyr) 以響應在標準大腸桿菌遺傳密碼中分配了另一個身份的有義密碼子的能力。超級文件夾 GFP 的殘基 65-67 指定了自動化折疊成三肽熒光團的 Thr-Tyr-Gly 序列。用任何其他天然氨基酸替換第 66 位的 Tyr 可有效消除蛋白質(zhì)的熒光。(生物化學, 2015, 54 (50), pp 7355–7364)

我們的研究重點是膜蛋白的結(jié)構(gòu)表征和從頭蛋白質(zhì)設(shè)計，以了解與人類疾病相關(guān)的生物過程并開發(fā)新的治療方法。 蛋白質(zhì)設(shè)計：我們使用從頭蛋白質(zhì)設(shè)計來測試我們的知識是否已經(jīng)足夠先進，可以根據(jù)第一原理生成結(jié)構(gòu)和功能。我們的實驗室還使用這種方法將所需的功能整合到生物系統(tǒng)中。 整合素抑制劑：我們研究整合素中信號轉(zhuǎn)導和構(gòu)象變化的機制，并設(shè)計了特定整合素的新型小分子抑制劑，用作組織纖維化和其他疾病的治療劑。 流感：我們研究甲型流感的基質(zhì) 2 蛋白 (M2)，它是在流感病毒包膜中發(fā)現(xiàn)的藥物靶標。 阿爾茨海默?。何覀儗Y(jié)構(gòu)表征和破壞與阿爾茨海默病相關(guān)的 Aβ 積累感興趣。 細菌感知：我們對細菌感知環(huán)境和適應不同環(huán)境壓力的機制感興趣。 計算工具：我們采用了一種受自然啟發(fā)的蛋白質(zhì)設(shè)計方法。

CCMS 開創(chuàng)的光譜網(wǎng)絡(luò)范式在三個基本方面不同于解釋串聯(lián)質(zhì)譜的主流范式。首先，光譜網(wǎng)絡(luò)基于將光譜與其他光譜而不是與蛋白質(zhì)序列進行匹配。其次，光譜網(wǎng)絡(luò)甚至在考慮可能的識別之前就從相關(guān)肽（例如，修飾/未修飾或重疊序列變體）中找到光譜。第三，光譜網(wǎng)絡(luò)確定來自相關(guān)肽的光譜組的一致識別，而不是單獨嘗試一次識別每個光譜。

滲透性分析開發(fā) 大多數(shù)膜通透性測定是在基于細胞的系統(tǒng)（如 CACO-2）或非膜無細胞系統(tǒng)（如 PAMPA）中進行的。我們正在開發(fā)一種基于脂質(zhì)體的滲透性系統(tǒng)，旨在反映生理上準確的磷脂雙層中的被動滲透性。 固相合成方法 我們正在開發(fā)構(gòu)建環(huán)狀肽的新方法，其靈感來自于天然產(chǎn)物，例如環(huán)孢菌素 A、destruxins 和 aureobasidin E。這些環(huán)狀肽中的許多都包含主鏈修飾，例如 N-甲基化和內(nèi)酯 (depsi) 鍵，用于增加它們的結(jié)構(gòu)多樣性并增強膜通透性和代謝穩(wěn)定性。我們對新的合成方法感興趣，這些方法有助于合成含有這些非蛋白氨基酸和連接的環(huán)狀肽的天然產(chǎn)物樣文庫。 環(huán)肽文庫 我們正在使用面向多樣性的合成技術(shù)來生成受天然產(chǎn)物啟發(fā)的大型環(huán)狀肽庫。我們正在使用從模型系統(tǒng)研究中學到的原則，使圖書館成員偏向于膜通透性和代謝穩(wěn)定性。 抑制蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用